需要的话，UltraCompare Professional 支持目录同步。 用户可通过在会话的新增会话弹出菜单菜单中选择文件夹同步操作模式来达成。

在一个同步文件夹会话中，用户先选择两个要同步的文件夹然后从自定义规则左边的下拉式列表选择一个“规则”。 规则 告知此文件夹同步办法要运行什么类型的同步操作。 一个规则是一系列的命令以应对任何状况所需；以新的替换较旧的文件、复制单独文件、删除较旧的文件等。使用规则及文件夹的选定辨法将扫瞄文件夹以产生一份差异的文件列表，以类似比对一个文件夹的方式显示。

一旦用户指定要同步的文件夹路径，便何按下此运行按钮启动文件夹扫瞄以找出文件间的差异，并决定采选定的规则取要运行什么动作来同步选定的文件夹。 需要的话，当按下开始同步按钮，用户可以在动作字段的专案上点选以自定义要运行的动作。 当用户按下开始同步按钮会启动此同步操作程序，并且会在进程栏显示进程。 此同步操作可以使用取消同步按钮断开。

注意: 此同步操作程序会覆盖并删除位于比对文件夹中的文件/文件夹。 一旦此程序开始，同步操作便无法撤消。

按下自定义规则按钮会显示规则自定义对话框。

此对话框可以让用户创建新的规则并改变默认规则。 用户可以选择一个要修改的规则然后改变该规则关联的动作。 那里也有一个字段可以让用户描述此规则运行的动作。

如果该使用者要创建一个新的规则，必须从规则名称下拉式列表中选择“加入新的”。 这会使此规则名称以“新规则 0”替换，并且可以依用户所需修改。